CentOS6と7で方法が違っているようで、苦労したのでメモ。なお、サーバーはさくらのVPS。
こちらの記事を参考にしました。というか、そのままです。
https://blog.nakamu.life/posts/sakura-vps-centos6-x-ssl-lets-encrypt
mod_sslも入っていなかったんで、そこも苦労したのですが、そこは省略。
cerbotのインストール
# cd /usr/local/src
git clone https://github.com/letsencrypt/letsencrypt
cd letsencrypt
参考サイトの通り、Apacheを停止しての作業を行なった。
Apache停止
# /etc/init.d/httpd stop